• Y染色體短臂微缺失，臨床表現為無精症，小睾丸，由於睾丸發育不良，生精功能異常，從而導致不育。
• Y染色體長臂微缺失，臨床表現為無精症或少精症，部分患者性功能基本正常，有時有早洩。
• Y染色體微缺失嵌合型，臨床表現均為少精症，性功能障礙程度不同，妻子未孕，或者妊娠早期胚胎停止發育而自然流產。
• X和Y染色體微缺失結合型，即X染色體長臂和Y染色體長臂都有微缺失，臨床表現原發不育，小睾丸，無精症，第二性徵發育不良；可能兩種微缺失有累加遺傳效應或協同基因效應，而影響睾丸發育不良，精子生成障礙。
• Y染色體微缺失易位型，易位都涉及到Y染色體微缺失，臨床表現均為精子生成障礙、少精症。
• Y染色體臂間倒位，由於Y染色體長臂明顯變小，也可將其列入Y染色體微缺失，患者為Y染色體臂間倒位攜帶者，表型正常，臨床表現為少精症，其妻妊娠1次因胚胎髮育停滯而流產，以後再未孕。

Y染色體具有大量重複基因序列及回文結構，這些結構在維持Y染色體進化穩定性的同時也使回文結構內部基因易於丟失，進而導致不育。

Y染色體上存在影響精子發生的區域（AZF），它存在於Y染色體長臂的1區1帶，分為AZFa,AZFb和AZFc三個區域，其微缺失可以導致精子發生阻滯，從而導致男性不育，故其微缺失的檢測對患者的病因診斷和臨床治療及遺傳諮詢都是必要的。 Y染色體微缺失分子檢測實驗一般應用PCR方法檢測，利用多重聚合酶鏈反應（multiplex－PCR）特異性擴增Y染色體AZF區域的序列標籤位點（STS），擴增產物用凝膠電泳或雜交等方法進行檢測。 y染色體微缺失圖冊

一般認為，AZFa、AZFb和AZFc三個區域全部缺失的患者，100%表現為無精子症。不可能通過任何手段從睾丸中獲得精子。 AZFa區缺失的患者精子發生阻滯在青春期前階段，表現為唯支持細胞綜合徵(SCOS)和小睾丸，臨床表現為無精子症。如果為整段AZFa區域缺失，若想從睾丸中獲得精子已不大可能。 AZFb和AZFb+c整段缺失的典型睾丸組織學特徵是SCO綜合徵或生精阻滯，與AZFa區域整段缺失的情況類似，這種病人在睾丸穿刺時也找不到精子。AZFb區缺失表現為生殖細胞成熟障礙，即睾丸內只見精原細胞和初級精母細胞，而精液中無精子。

AZFc缺失的臨床和睾丸組織學表型多種多樣。一般說來，AZFc缺失患者尚殘存精子生成能力，對於同一患者，一些生精小管內僅見支持細胞，而另一些生精小管內可見精原細胞、精母細胞、精子細胞甚至精子，精液檢查為嚴重少精，有時可見少量活動精子，但畸形精子數量明顯有增多。罕見情況下，也可以在自然狀態下遺傳給其男性後代。在無精子症患者中，AZFc缺失者通過睾丸穿刺等技術獲得精子的機會要大得多，但這些患者的男性子代將是AZFc缺失的攜帶者。另外，有研究發現AZFc區域缺失的少精子症患者，其精子數目有進行性下降的趨勢，最後發展為無精子症。因此，對AZFc區域缺失的少精子症患者，應及早進行治療或將其精液進行冷凍保存。